2008年11月，吴佩慈与马来西亚籍富商Peter Chen在飞机上相识，之后开始交往。2011年，吴佩慈与Peter Chen分手。

2013年9月，吴佩慈透漏自己怀孕4个月，男友是纪晓波。

2014年2月17日中午12点在香港剖腹生下小马女，母女均安。吴佩慈女儿身高50公分，重2760克，已取好小名 小蕊蕊 ，英文名 Hillary ，希望宝贝千金看齐美国政坛女强人希拉里的聪慧、坚强、勇敢。

2015年6月1日，吴佩慈在脸书晒出超音波照，证实怀了第二胎，预产期预计是11月底。

纪晓波是香港融汇资本有限公司CEO，投资矿业、环保、房地产与博彩，拥百亿新台币资产。

未婚怀孕

吴佩慈在接受采访时公开宣布已经未婚怀孕四个月，并表示已收到男友送上的价值数百万的10克拉钻戒，待嫁豪门。此消息一出，公开祝福的有羡慕嫉妒的有，吴佩慈自己也在微博上发表幸福宣言： 幸福来的太快，我都还来不及准备好。其实没有领证，现在还是未婚啦！接下来我的首要任务是先好好安胎，然后生下健康活泼的小孩，谢谢大家给我的祝福。 一副十足幸福小女人的摸样。

但从吴佩慈的微博来看，吴佩慈和纪晓波不会马上领证。至于吴、纪两人何时注册登记，记者致电吴佩慈的经纪人阿信，他表示： 关于注册登记这是他们私人的事情，我也不方便回答，但是该办的我们都会办，包括婚礼我们会在生完宝宝之后举行。