1、气功完全凭借体内感觉的冷、热、麻、胀等感觉作用即内感受器的“返观”作用；而生物反馈是在回授器帮助下，把体内生理指标的变化过程放大并显示，凭视觉和听觉的作用，即外感受器的回授作用。
2、气功锻炼时要求在“入静”的条件下，发挥人的主观意识对生理活动的主导性调节作用；而生物反馈是在回授器的启示下运用心理诱导的方法调整生理功能。
3、气功是在调整机体整体机能的基础上达到某一生理改变来防治多种疾病；而生物反馈具有明显特异性，直接控制某项生理功能的改变。
4、气功锻炼时，要求入静，大脑皮质处于主动性抑制和“松弛状态”；而生物反馈要求患者密切“注意”反馈信号的连续强化，不可能出现气功时的松静指标。此外气功的应用领域非常广泛，而生物反馈疗法则相对窄小。虽然两者有以上差别，如果将气功和生物反馈疗法结合起来，按传统气功的方法锻炼，并以生物反馈仪器进行诱导和强化，则可加快气功锻炼的进程，提高治疗效果。气功的许多现象，提示人具有控制自身的能力。有些学者认为，随着这一研究的深入，并将其服务于人类，将开创一种新的医学，使医学产生新的变革，并将改变心理学和生理学的面貌，对“精神”和“身体”的概念会有新的理解。
