健身气功最常用的呼吸方法是自然呼吸法和腹式呼吸法，腹式呼吸法又分为顺腹式呼吸法与逆腹式呼吸法。健身气功六字诀的呼吸方法，要求初学时用自然呼吸法，待动作熟练后再采用逆腹式呼吸法。
健身气功六字诀采用逆腹式呼吸法的基本要领是鼻吸口呼。鼻吸气时，胸腔上升并向外扩张，腹部随之内收，吸“气”感觉直达小腹（丹田），同时，舌抵上腭，意念放在命门处，且微微收提肛门；口呼气时则与此相反，胸腔下降及内收，腹部则往外扩张，同时，放松肛门，舌头也随之放平。
作为动功的健身气功六字诀的逆腹式呼吸法，其与静功采用的逆腹式呼吸法在要领上有共同之处，但亦有不同的特点：
1、健身气功六字诀的逆腹式呼吸法在练习时要与形体动作相配合，动作上升或外开时吸气，动作下降或内合时呼气。
2、健身气功六字诀形体动作有升、降、开、合的转换，且动作在转换切分处稍作停顿以体现松紧和虚实的结合，所以，在运用逆腹式呼吸时，应在动作升降开合的转换切分处停顿时，作短暂的停闭，形成“吸—停一呼”的逆腹式停闭呼吸。
3、健身气功六字诀的逆腹式呼吸过程中要注意做到深、长、匀“深”是指吸“气”感觉要到小腹（丹田），有别于自然呼吸法的吸“气”感觉只到胸部。
“长”是挂呼吸节律要放慢，一吸一呼间的时间尽量延长来配合动作的柔和缓慢和完整性；“匀”是指从吸气开始至呼气结束，气流在体内的入与出的整过程中，都要尽量做到均匀一致。
4、健身气功六字诀的逆腹式呼吸法在呼气时，要结合每一字诀的相应脏腑部位稍加意念。“嘘”字诀意在两胁；“呵”字诀意在下胸部；“呼”字诀意在腹部。
“四”字诀意在上胸部；“吹”字诀意在腰部；“嘻”字诀意在整体的胸部、腹部（三焦），按照自上而下的顺序进行。
5、健身气功六字诀的逆腹式呼吸法在吸气时不要吸得太满，呼气时不要呼得太尽，要留有余地，以免造成憋气现象。
