1、对消化系统的影响
艾灸的补益作用在消化系统方面主要是通过对胃肠活动的变化，消化腺分泌的变化等实现的。在对人的足三里施灸时，发现人的胃肠活动出现兴奋性和抑制性的改变。艾灸对人体内各种分泌腺均有一定的调整作用，如胃液分泌过多者，灸之可抑制胃液的分泌；而胃液少者，灸之可促使胃液分泌。艾灸对于胆汁、唾液也有良好的调节作用。
2、对循环系统的影响
（1）灸天突、百会穴后，脑血流图的若干指标均有显著变化，提示艾灸可以起到扩张脑血管，改善脑血管弹性，增加脑血流量的作用。脑循环的改善可加速患者大脑功能和脑细胞代谢的恢复，可提高记忆，改善睡眠，使临床症状得到明显改善。
（2）灸足三里、三阴交、曲池可以改善微循环，降低血流凝聚。日本金万淳夫等观察艾灸对健康人血流凝固力影响时发现：艾灸后l～3小时可见血凝固时间有缩短倾向。艾灸足三里可使纤维蛋白原明显下降。
（3）艾灸不仅使施灸部位灼热温暖，局部血容扩张，促进血液循环，而且可以改变全身的情况。艾条温和灸和文柱隔姜灸左侧足三里穴时，发现因施灸而引起的局部温热或灼痛，皆能很灵敏地反映在右手示指、中指容积曲线的变化上。
3、对免疫功能的影响
艾灸大椎穴可增加白细胞数量，其中以中性粒细胞升高明显。艾灸大椎可以增强网状内皮细胞的吞噬功能。艾灸可使免疫功能低下的小鼠的T淋巴细胞（TC）和B淋巴细胞（BC）增加明显，而以TC更为显著。说明了艾灸有增强免疫功能的作用。
