从追求人口的数量到追求城市的合理结构以及功能提升，此次《规划》拿出的药方是区域城市化。具体来说，首先就是把有序推进常住人口市民化放在了重点任务的第一位，明确提出：到2020年解决好三个200万人的问题，一是实现约200万常住人口市民化，二是引导约200万人进入新城新市镇，三是实施约200万人的棚户区城中村危旧房改造和宅基地置换。
户籍政策方面，南京将加快实现全域户籍通迁，今年将实现江宁、原江浦、原六合户口与市区通迁，并将在明年实现溧水、高淳户口与市区通迁。通迁后，老三县的居民户口迁往主城区，将打破“购房面积超过60平方米”的限制，按市内户口迁移规定办理手续。
同时，南京将对往届全日制高校毕业生按不同条件，分层次落户，取消在宁高校应届毕业本科生落户限制，对创业人才准予本人落户变为家庭落户，以尽可能多地吸纳人才。
而为了解决人口密度过高的问题，优化城乡空间布局是《规划》提出的另一项重点任务。在主城现代化建设方面，要重点打造河西城市新中心，整体提升金融、科技、会展、文化、商务产业发展水平，推动老城部分功能向河西转移。金融城一期、二期和国际博览中心二期、三期等工程都将在2017年前建成。
同时，南京将突出铁北、下关滨江、高铁枢纽、燕子矶、铁心桥—西善桥寺、麒麟科技创新园等片区的改造提升，着力改变当前“城中村”破败混乱状态。下一步，南京城市将进一步“南拓北展”，今年全面启动江北新区各项建设，2020年初步建成全国产业转型升级和新型城市化示范区，远期建成现代滨江田园智慧新区。同时引导原南部新城区域逐步融入主城，建设体现生态低碳发展特色的南部地区。
《规划》还明确南京将建设以东山副城、仙林副城和江北新区核心区等分担中心城区功能的副城，以及一批产城融合的现代化新城及配套完善的新市镇
《规划》还提出要建设配套完备和特色彰显的新市镇。其中，淳化、秣陵、谷里、石湫将重点发展为都市区服务的科技、教育、休闲娱乐等配套功能;横溪、汤泉、竹镇、八卦洲、东屏、桠溪等建成特色化的都市休闲度假基地;横梁、永宁、柘塘、东坝等依托仓储物流和先进制造业，形成产业专业化、生活便利化的新市镇。
《规划》还提出了资源环境方面的一系列约束性指标，包括到2020年，确保人均城市建设用地小于100平方米;空气质量达到二级标准的天数比例从目前的55.3%上升到90%;地表水好于III类水质的比例要从53.6%上升到80%等。提出将加强生态空间保护，严格划定永久基本农田、严守生态红线，合理控制城镇开发边界等具体举措。
