三、调理细菌平衡
益生元可以帮助肠在经过抗生素，腹泻，压力或其它药物(非抗生素类)的干扰后恢复肠内细菌平衡。通过对某特定菌群的选择性的刺激而使平衡恢复。可能发生在很多种不同菌群上。这种刺激可以是直接的(被选择的细菌在益生元上生长)或是间接的(一些细菌释放对其它细菌生长有益的物质)
这种情况下，选择性刺激和新陈代谢的改变都起到作用。
四、影响血脂浓度
被声称对一些单糖有益，但次作用并未经证实。
五、预防肠癌
这一效应未经证实。但有很多迹象指出许多蛋白质发酵产物会提高患直肠癌的风险。所以蛋白质发酵的减少可以降低风险。而且碳水化合物发酵产物也许有降低直肠癌发病的可能。
同样的，最佳的降低风险效应是通过改变新陈代谢而不是某类细菌来获得。
