气功锻炼不仅仅是为了调整某脏某腑，或针对某种疾病，而是通过培育真气，协调脏腑机能，来达到保健治病作用。同时在调身、调息、调神三要素中，以调心最为重要。俗话说“全凭心意练功夫”。
这里，“心意”是人的精神活动，也特指与练功有关的意念活动。通过调心，使人进入恬淡虚无，轻松舒适的入静状态，对中枢神经系统的机能活动具有良好的调整作用，并进一步通过神经内分泌过程来调整全身各系统的功能活动，从而改善了全身的机能。
此外，气功还要求在练功的同时，注意精神修养，陶冶性情。保持稳定的情绪状态，不仅能防止紧张、抑郁等各种情志活动对正常生理活动的影响，而且能消除伴随疾病出现的心理障碍，有助于身心的协调一致。
机体的病理状态得以改善，从而达到治疗疾病、增进健康的目的。
从以上论述可以看出，气功锻炼所产生的效应并不单纯体现在身体的一部分、一个内脏、一个系统，也不单纯体现在有形的身体，而是对全身各系统组织器官以及心理等同时都有调整作用，即是通过对全身机能的整体调节，从心身两方面起到防止疾病的作用。
临床实践证明，用气功治疗某种疾病的同时，伴随的其它疾病也相应好转或治愈。比如有一些患者在用气功治疗心血管疾病的同时，伴随的溃疡病或神经衰弱也相应地好转，还有的患者在用气功治疗神经性耳聋时，伴随的便秘和神经衰弱也相应好转，这些现象也表明了气功的整体治疗作用。
身患数病的患者，虽然从表面上看，表现为多种病症，但是从中医整体观念、辨证论治来看，这些病往往可以归纳为中医的某一证型。因此，在气功治疗时结合患者的性格、体质、病情选择一种适当的功法，可同时对身患的数种病症产生疗效。
当然在整体作用理论的指导下，在所选功法的基础上，同时根据具体病情的特点，在功法姿势、意念、呼吸等方面采取相应措施，加强对某一重点环节的锻炼，以适应机体内部的病理生理变化，将会获得更理想的效果。
