2007年，齐秦和雅雅到上海参加一个活动时，两人双双甜蜜露面，恋情正式曝光。雅雅虽然比齐秦小了24岁，但对男友十分深情，后颈上的深红色文身也是“齐”字。和齐秦刚认识的前两年其实并不来电，后来发觉他其实很像孩子、需要人照顾，从此渐生情愫，变得形影不离。齐秦坦言：“身边有这么一个女孩，可以让我重新感受到年轻的那种快乐。”
在雅雅之前，齐秦最著名的女友便是王祖贤。另外，他还与旧爱方美芳有一个儿子方伟，今年已经25岁了。但儿子出生时，齐秦已经与方美芳分手，也不曾有过婚姻。为此，方美芳还曾上法院起诉齐秦。齐秦并不避讳提及，甚至因此表示想与雅雅再生一个孩子。“我有一个儿子，但我没能有机会参与他的成长。这点始终觉得非常遗憾。所以现在非常希望有个小朋友，属于自己的，能够亲自带着他成长。”
2014年1月14日，台湾“中国时报”消息，54岁的齐秦又要当爸爸了!小他24岁的嫩妻孙丽雅，继2011年3月产下女儿齐心，去年再度有喜，目前怀孕4个多月，是个男婴，他说：“所以我最近心情很好。”加上他和环球唱片的词曲版权官司胜诉、新歌《垭口2014》推出，堪称三喜临门。小儿子夏天出生，和姐姐凑成“好”字，但齐心快3岁，尚未在台湾报户口，齐秦说：“本来计划年后带她回台湾，但太太现在怀孕，不太方便。”
喜获二胎儿子
2014年6月9日下午，54岁齐秦娇妻孙丽雅在台湾产下儿子，母子平安。后经齐秦公司工作人员证实该消息，称尚未给小孩取名字。今年1月份，齐秦亲口向媒体证实，小24岁的妻子孙丽雅再度怀有宝宝，当时已有4个月的身孕，是个男孩子。
