立妃无望，楚楚假怀孕后流产。张宝珠醋意大发，赌气出宫，朱由校想尽办法将张宝珠哄回宫中，二人都对对方产生了情愫。

　　楚楚晋封贵人，张宝珠要求在宫中当女官，客氏强烈反对，朱由校带着张宝珠离宫出走，却在李光济的家乡发现了魏忠贤鱼肉百姓的实情。

　　朱由校对魏忠贤起了防备之心，此时云南黔国公带着妹妹前往京城受封，郡主看上了已经入朝为官的李光济。李光济获得爵位，成为朱由校的左膀右臂。

　　楚楚生子，客氏不惜毒害皇子嫁祸皇后。朱由检为皇后开脱，却被反咬与皇后私相授受。钦慕朱由检的张婵将客氏出示的证据揽到自己身上，朱由检也不得不娶张婵为妻。

　　河南蝗灾，魏忠贤勾结当地富商私吞官粮，朱由校用计查明案件后决定，放长线清除魏忠贤的全部党羽。

　　朱由校借口祭祖离宫，将朝中防务交于魏忠贤，意在引出魏党余孽，孰料魏忠贤识破后龟缩起来，东林党人杨涟为激魏忠贤行动反遭陷害牺牲。

　　客魏蓄意害死小皇子并且弄伤朱由校，之后以造反的罪名嫁祸给朱由检。危机一触即发，阉党和帝党正面交锋，张婵为了保护朱由检身亡，明白客魏祸心的楚楚在斗争中牺牲，魏婉洛也看清世情遁入空门。

　　朱由校本希望选择假死而将权力赋予朱由检和张嫣，自己则带着已加封为贵妃的张宝珠离宫做一对神仙伴侣。但关键时刻，朱由校用自己的牺牲，为被围困住的朱由检换来了希望。

　　朱由检度过险境登基之后，将一代巨奸正法。多年后，带着孩子隐于世的张宝珠，一直在等着朱由校回来......