李巴山的后台是满清朝廷和武当的白眉道人，非常狠毒，如得知世玉未死定会再上门寻隙。方德和翠花几经商量，决定为儿子举行假殡，翠花则暗地里连夜将重伤的世玉送去了福建蒲田九莲山的少林寺。武痴洪熙官和胡惠乾早对少林武学心生仰慕，自原随好友而去。熙官不知泳春被父亲反锁家中，只得无奈地不辞而别。
世玉三人顺利成为少林俗家弟子，在大师兄三德的教导下，兄弟几个武技大进，友情日深。 世玉眼见少林众僧性格各异，却其实人人都有可爱的一面，渐渐又开始不断生事。虽惹来至善和尚的责罚，但世玉却乐在其中。学武期间他还结识了服侍五梅师太的凌小小，二人互生情愫，但小小对世玉总是若即若离，害得世玉也开始为情苦恼起来。
纸里包不住火，李巴山终于发现方世玉藏在少林寺，他和女儿李小环直闯少林，要至善交人。世玉在五梅师太的开导下终于有所悟，比武之日竟在梅花桩上打败了李巴山，李巴山被世玉踢下木桩当场身亡。比武无情，生死有命，李小环有仇不能报，抱着父亲的尸首恨恨离去。
一波刚平一波又起，泳春寻至，竟要硬闯少林见熙官一面。一向是女性禁地的少林寺哪容得泳春破坏清规，于是众少林弟子横加阻拦，熙官更因维护寺规而忍痛与泳春为敌，几乎把泳春打死。泳春悲痛之余对熙官又爱又恨，更误会凌小小和熙官有染，大兴问罪，这才揭发出小小自幼在佛前发过宏誓，十八岁后便削发为尼。泳春不听熙官劝说要和寺僧动武，幸好五梅师太和至善和尚出手相助。五梅见泳春把家传的刚劲武技化作合乎女子使用的巧劲路子大受启发，竟主动邀请泳春共同研创武学。终于，泳春得入少林，虽有活动范围的限制，但泳春已心满意足。 世玉因小小将会出家之事大受打击，小小眼见世玉一改常态变得整日沉默不语，却不知如何相劝。时惠乾因父亲被恶霸所杀要下山报仇，但他未能通过俗家弟子的下山测试“十八铜人阵”，竟偷偷地从狗洞中爬出离去，熙官和世玉得知，担心惠乾出事，便双双攻打铜人阵，搬开封门铜鼎，在手臂上留下青龙白虎的学成印记，去助惠乾报仇。千钧一发之际惠乾被世玉、熙官救出，但自此，惠乾也被遂出了少林大门。
就在世玉和熙官即将离寺之时，李巴山的师兄白眉道人来到少林为师弟“讨公道”，他盛怒之下竟伙同朝廷火烧少林，更杀死寺僧无数，至善和尚与五梅师太身受重伤，幸得泳春相救。世玉眼见自己为少林惹下大祸，悔疚不已，便和众少年英雄返回少林，找白眉拼命。
白眉道人的武艺深不可测，众少年英雄心知此战凶多吉少，反抛开一切后顾随心而行。在回少林的路途中，他们仗义行侠，凌小小心知十八岁将至，她感激世玉的真情，敞开怀抱与世玉尽情渡过了生命中最难忘的日子；熙官和泳春这对欢喜冤家更是情投意合，终结成夫妇。但无论多远的路也有尽时，数月后，众人来到武当山脚下，一场惊天之战即将展开......
分集介绍
《少年方世玉》分集介绍：第1集
广州城内突然一片轰动，因为这天又是方家少爷方世玉和富家子福公子比试竞技的日子。世玉和母亲翠花一个模样，经常在外头闯祸，令父亲方德头痛不已。
翠花惊悉世玉和福公子又要再比试，不只没阻挠世玉出战，反而助世玉一臂，欲把这个盛势凌人的福公子教训一顿！
世玉和福公子在山坡上以“陆上风帆”作比赛，二人比快滑下山坡，谁先进入树林，取得挂在树上的彩球为胜。福公子为求得胜，事先派人沿途设下陷阱，欲加害世玉，幸世玉身手矫捷，终能化险为夷。
一番追逐比拼，最后终由翠花夺得彩球，但市集内的戏台却被翠花弄得塌了下来，整个广州城天翻地覆......
《少年方世玉》分集介绍：第2集
翠花分神间，被洪熙官错手打伤了，方德以为世玉母子又恃强逞凶，急忙向熙官赔罪，熙官说出此行乃要前往杭州读书，希望能学懂文墨，以便看得懂亡父的遗书，岂料书还没念成，遗书却让世玉毁了！回家以后，即令世玉跪在祖先灵前思过，而翠花亦因教导不善，而被罚不准外出，不准练武......
《少年方世玉》分集介绍：第3集
咏春恼恨世玉，誓报此仇。世玉获补考第二轮考试，方德出门数天，世玉代为处理会馆聘请小工事，赫然发现熙官也在应征之列，立加聘请，打算戏弄熙官。咏春在通天出丑一事，被父严湛知悉真相。大怒下罚春不得外出，咏春假装绝食思过，重获自由，相约人王，要找世玉报仇......
