首先，国安电脑系统的工作界面、间谍使用的特殊软件以及季少风和阿伦使用的黑客软件在设计理念上有着很大的不同。可能有些观众不明白，不就是个软件界面吗，有这么复杂吗？特效表现在影视作品中是有灵魂的，它是附着在特定人物身上一种标签和气质，就像人们穿衣服的风格一样。为了从气质上区分三类人群使用的软件，在界面基调色彩上先要有所不同。国安系统使用了清爽、开朗、和平的天蓝色作为基调，这也与警用蓝色有统一，如果使用军绿色肯定就不对了。间谍的软件界面多以冷酷的黑褐色为基调，其中再配以强烈刺眼的黄色，整体给人的感观非常阴郁并带有攻击性和危险性的暗示。而作为被间谍利用的季少风和阿伦是游走于黑暗边缘的悲剧人物，作为黑客他们使用的软件比较杂乱和大众化，因此他们的程序界面色彩基调上并无限制，可根据不同功能借鉴生活中的常用软件设计。但是，他们使用的黑客软件就有所不同，在色彩上强调偏离、特异和神秘感，常用的是幽灵鬼火般的深绿配以强烈刺激的红色。
其次，在电脑软件界面形式设计上，国安系统讲究规矩、正气但带有特殊性，在布局上讲究平衡，装饰元素以朴素的几何图形为主，数字全部用中文大写数字更具保密性。间谍所用的软件多以监控、传输、执行攻击任务为主，他们的界面设计更具有西方软件设计的特点，界面没有固定结构布局，可以多层移动随意变换，更接近于好莱坞大片中第五代电脑的设计和使用形式，凸显出了间谍组织国际化、高科技、高智商的特点，但是又没有夸张的科幻色彩更具真实感。至于阿伦他们使用的黑客软件，更趋向于非专业民用软件，因此在界面布局上介乎以上两种形式之间，界面标识更友好更卡通感，经常会出现一些莫名其妙的工具符号和提示之类的，有一种故弄玄虚的神秘感，也更符合黑客软件本身的特立独行、哗众取宠的气质。
《谍变》特效导演介绍说，如今的不少类型片的火爆离不开“高科技特效”的辅佐。与此同时，观众的欣赏水平也在不断提高，特效痕迹太过明显的镜头会使得观众厌烦，因此现在许多影视剧都在追求一种“隐形的特技”，《谍变》为了真实展现带有高科技工具的紧张激烈的间谍大战，在特效制作上下了不少工夫，是一部融合高水准隐形特效的好剧。
