在理论上建立了中医学上的“阴阳五行学说”、“脉象学说”“藏象学说”、“经络学说”、“病因学说”“病机学说”、“病症”、“诊法”、论治及“养生学”、“运气学”等学说。其医学理论是建立在我国古代道家理论的基础之上的，反映了我国古代天人合一思想。
黄帝内经成编於战国时期，是中国现存最早的中医理论专著。总结了春秋至战国时期的医疗经验和学术理论，并吸收了秦汉以前有关天文学、历算学、生物学、地理学、人类学、心理学，运用阴阳、五行、天人合一的理论,对人体的解剖、生理、病理以及疾病的诊断、治疗与预防，做了比较全面的阐述，确立了中医学独特的理论体系， 成为中国医药学发展的理论基础和源泉。
现存最早的中医药学著作《黄帝内经》收载的成方13首中，就有10种中成药，并有丸、散、酒、丹等剂型。
《黄帝内经》是早期中国医学的理论典籍。世简称之为《内经》。最早著录于刘歆《七略》及班固《汉书·艺文志》，原为18卷。医圣张仲景“撰用素问、九卷、八十一难......为伤寒杂病论”，晋皇甫谧撰《针灸甲乙经》时，称“今有针经九卷、素问九卷，二九十八卷，即内经也”，《九卷》在唐王冰时称之为《灵枢》。至宋，史嵩献家藏《灵枢经》并予刊行。由此可知，《九卷》、《针经》、《灵枢》实则一书而多名。宋之后，《素问》、《灵枢》始成为《黄帝内经》组成的两大部分。
《黄帝内经》是什么意思呢? 内经，不少人认为是讲内在人体规律的，有的人认为是讲内科的，但相关专家认为《黄帝内经》 是一部讲“内求”的书，要使生命健康长寿，不要外求，要往里求、往内求，所以叫“内经”。也就是说你要使生命健康， 比如有了病怎么治病，不一定非要去吃什么药。
实际上《黄帝内经》整本书里面只有13个药方，药方很少。它关键是要往里求、往内求，首先是内观、内视，就是往内观看我们的五脏六腑，观看我们的气血怎么流动，然后内炼，通过调整气血、调整经络、调整脏腑来达到健康，达到长寿。所以内求实际上是为我们指出了正确认识生命的一种方法、一种道路。这种方法跟现代医学的方法是不同的，现代医学是靠仪器、靠化验、 靠解剖来内求。中医则是靠内观、靠体悟、靠直觉来内求。
